Навчальний процес в університеті проводився згідно з Законом України «Про вищу освіту», освітньо-кваліфікаційними характеристиками та освітньо-професійними програмами підготовки фахівців на рівні національних стандартів якості та вимог Міжнародної конвенції про підготовку і дипломування моряків та несення вахти (Конвенція ПДНВ) з урахуванням Манільських поправок 2010 року.
Постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року № 433 реорганізовано факультет Військово-Морських Сил Національного університету «Одеська морська академія» шляхом перетворення його в Інститут Військово-Морських Сил Національного університету «Одеська морська академія».
Рішенням Вченої ради університету проведено перетворення Ізмаїльського факультету НУ «ОМА» в Дунайський інститут НУ «ОМА», Центру підготовки та атестації плавскладу в Інститут післядипломної освіти «Центр підготовки та атестації плавскладу» університету.
Університет перебуває у постійній роботі з Міжнародною морською організацією (ІМО) при ООН (Лондон, Великобританія) та з іншими науковими, науково-технічними та дослідними інститутами Великобританії. НУ “ОМА” є членом та приймає участь у діяльності Міжнародної асоціації морських університетів (IAMU) та у роботі її Генеральних асамблей. НУ «ОМА» входить до Чорноморської асоціації морських інститутів (BSAMI).
НУ «ОМА» протягом 2016 р. брав участь у кількох міжнародних проектах, що фінансуються Європейським Союзом, зокрема у трьох проектах програми TEMPUS. НУ «ОМА» активно підтримує зв’язки з іноземними партнерськими університетами. З цією метою у 2016 р. діяли укладені раніше договори між НУ «ОМА».
У 2016 р. в університеті виконувалися 2 бюджетні науково-дослідні роботи. На кафедрах університету у 2016 р. виконання пошукових фундаментальних та прикладних наукових досліджень здійснювалось за 41 темою. У 2016 р. науковцями університету було подано 8 заявок на отримання патентів України, отримано 6 патентів України. До наукової роботи залучаються також курсанти, за звітами кафедр в 2016 р. в дослідженнях взяли участь понад 1000 курсантів, по результатам роботи курсанти виступили з доповідями на наукових конференціях.
У липні 2016 р. університет успішно пройшов сертифікаційний аудит системи управління якістю у відповідності з вимогами міжнародного стандарту ISO 9001:2008 та сертифікаційний аудит у відповідності з вимогами стандарту ДСТУ ISO 9001:2009 з боку органу з акредитації Бюро Верітас Сертифікейшн.
У квітні 2016 р. НУ «ОМА» презентував новий повномасштабний тренажер машинного відділення виробництва компанії Kongsberg Maritime (Норвегія). 22 грудня 2016 р. на судномеханічному факультеті відбулося відкриття нового цеху механічних майстерень з високоякісним обладнанням. Через систему Prozorro закуплено тренажерне обладнання (без врахування відокремлених структурних підрозділів). Протягом року було виконано робіт по капітальному та поточному ремонту навчально-лабораторних корпусів та гуртожитків.
Розвитку міжнародних зв’язків університету також сприяє щорічне направлення курсантів на плавальну практику на судна іноземних судноплавних компаній. Практично всі випускники працевлаштовані за фахом на підприємствах, в організаціях та установах державної та недержавної форм власності морегосподарського комплексу.